El 6 de abril, el Bayern se proclamó campeón de liga por 23.ª vez en su historia, a falta de seis jornadas para el final, tras una victoria por 0:1 ante el Eintracht Fráncfort. La primera temporada de Niko Kovač no empezó muy bien, equipacion chelsea 2021 ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada. Pocos días después consiguió el quintuplete por segunda vez en su historia al vencer 3:2 al Borussia Dortmund en la Supercopa de Alemania. El equipo mejora en la Bundesliga 2011-12 pero solo le da para ser subcampeón tras el Borussia Dortmund. En la semifinal de Liga de Campeones eliminó al Barcelona con un global de 7:0, donde posteriormente, el 25 de mayo, se proclamó campeón de la Liga de Campeones tras derrotar 2:1 al Borussia Dortmund en el estadio de Wembley. Acababan de ganar al Athletic en el último partido del ya viejo estadio y, como despedida, los jugadores del Atlético, actuales y leyendas, fueron reclutados por megafonía.
La final de vuelta se efectuó el 1 de mayo de 2013 en un Estadio Tecnológico repleto de aficionados alentando al equipo local. El regreso de Heynckes también trae de vuelta al club a Hermann Gerland y a Peter Hermann. La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. El 6 de octubre la directiva del club confirmó el regreso de Jupp Heynckes hasta el final de temporada iniciando así su cuarta etapa como entrenador del Bayern. Aunque la cesión era en principio para un mes, Szczęsny se mantuvo como portero titular de esa formación hasta final de temporada. El único problema es que era imposible comprar pantalones cortos azules durante la primera década de 1900, por lo tanto, el Bayern se vio obligado a usar pantalones cortos negros —a los cuales llamaban «azul marino»—.
El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro —dichos colores eran los del Münchner Sportclub—. Es por ello que los fundadores del club establecieron el uso de dichos colores en el emblema del club, así que decidieron utilizar camisetas blancas y pantalones cortos azules. Esto no significó que el aspecto del uniforme no cambiara en años posteriores, solo que esta vez, solo fueron pequeños ajustes. En última instancia el Bayern cambio de un marrón rojizo a un tono básico de rojo y puso fin a la búsqueda de un aspecto coherente de una vez por todas. El Bayern fue objeto de burlas y ofensas por jugadores y directivos de clubes rivales, www.supervigo.com los cuales incluían chistes acerca de que los jugadores del club mestruaban. El escudo del Bayern se ha modificado varias veces a lo largo de su fundación. En la liga, el club consiguió el título en la penúltima jornada, logrando así ser el único club en la historia de la Bundesliga en conseguir el campeonato alemán cuatro veces consecutivas. Sus 118 partidos le colocan 137.º en el listado a fecha de 2018, el segundo jugador que más partidos ha disputado en la historia de la selección de Croacia.
Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus. El equipo del Midlands Occidental era considerado en la época como uno de los mejores equipos. En 2003, el Oporto ganaba su primer título internacional desde 1987, con un incipiente José Mourinho como entrenador. Además de ellos, Hermann Gerland (segundo entrenador) también se despedía ante unos 75 000 espectadores. Incluso antes de esos debuts, Messi jugó un partido de exhibición con el primer equipo el 16 de noviembre de 2003 a los 16 años y 145 días ante el Porto. En un partido cerrado el Bayern venció 2:1 al Sevilla en tiempo suplementario, con Javi Martínez anotando el gol de la victoria. El 6 de noviembre, en su primer partido en el cargo, vencería al Olympiacos 2:0 en un partido de la fase de grupos de la Liga de Campeones. Comenzó la campaña logrando dos tantos en la fase previa de la Liga Europa ante Young Boys y Tromsø.