Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. El tercer título consecutivo de la Bundesliga lo consiguió en 2001, en la última jornada del campeonato. El 8 de mayo, el Bayern conquistó la 1. Bundesliga 2009-10 después de una victoria de 3:1 sobre el Hertha Berlín. En la Copa Italia, el Milan eliminó en semifinales al Napoli, tras empatar sin goles en Milán y vencer gracias a los tantos de Massaro y Van Basten, por 3:1 en la ida. No obstante cerca de finalizar el partido lograron vencerlos con marcador de 2:1. El 22 de septiembre, Robert Lewandowski fue autor de los cinco goles con los que el Bayern derrotó al Wolfsburgo en un partido válido por la liga. En la temporada de 2010-11 fueron eliminados en la ronda de octavos en la Liga de Campeones de la UEFA 2010-11 nuevamente por el Inter de Milán por la citada regla de goles fuera de casa. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis.
Guardiola culmina con la conquista de la Copa de Alemania 2015-16, venciendo en la tanda de penaltis al Borussia Dortmund, logrando así otro doblete. En la temporada de 1999-00 el Bayern ganó su tercer doblete. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. David tuvo una participación destacada y recibió elogios por parte de tabloides ingleses, tales como The Sun, en donde lo consideraron «la mejor compra» del Chelsea. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht.
Mientras tanto, había surgido un equipo al que el Bayern durante estos años tuvo que batir, el Borussia Mönchengladbach. En la temporada siguiente el Bayern se mantuvo una vez más en el segundo lugar detrás del Borussia Mönchengladbach. Atendiendo al lugar de nacimiento, son Argentina, Portugal y Francia con dos jugadores los países más representados. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar. A finales de año el club anuncia que Pep Guardiola no renovaría su contrato el cual expiraba al final de temporada, por lo que el club se hizo de los servicios del entrenador italiano Carlo Ancelotti. Su primer gol en el año ocurrió el 23 de enero, en un duelo del Paulistao entre el Corinthians y el Paulista. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes —que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11— sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club.
Jupp Heynckes fue contratado como entrenador en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió. La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. El delantero corrió hasta la posición que se encontraba el arquero —esquina del córner— y, cuando este se encontraba de espaldas, le propinó un “planchazo” con los estoperoles en alto que le costó la expulsión inmediata. Después de las vacaciones de invierno el Bayern logró mejorar su posición y se ubicó tercero en la liga. Hasta tal punto ha recuperado la ilusión que se presentó en la concentración con una hora y media de antelación y sorprendió al nuevo cuerpo técnico y los empleados de la Ciudad del Fútbol de Las Rozas. La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última jornada, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, el Colonia.
Desde 1998 hasta 2004 el Bayern fue dirigido por Ottmar Hitzfeld. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán —equipo de la 2. Bundesliga—. Tras esto hubo una reunión entre Lattek y el presidente Neudecker. Con esto se frenaba una racha de dos años sin títulos. El resto de la década obtuvo resultados muy variables y no aportó títulos para el Bayern. Bayern vencería en las rondas finales al Magdeburgo con global 5:3, Ararat Ereván con global 2:1, Saint-Étienne con global 2:0, y al Leeds United. En Estados Unidos surgieron varias figuras de relevancia: Calvin Klein desarrolló un estilo sencillo y funcional, con la pretensión de crear prendas a la vez cómodas y sofisticadas, de «reducir las cosas a su máxima pureza». En 1977 Franz Beckenbauer se fue a América a jugar con el New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers de Estados Unidos. En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, Robert Schwan.
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